Sigrid Vasa besöker Sjundby på våren 1603. Då är det en förfallen gård hon möter. Trähusen beskrivs som ruttna och förstörda och slottet har tagit stor skada. Sigrid Vasa stannar i Finland, men vi vet inte om hon bor på Sjundby. Vi vet att hon åtminstone tidvis bodde på Gerknäs gård i Lojo. Hon besökte ofta sin mor, Karin Månsdotter på Liuksiala gård i Kangasala nära Tammerfors. Vi vet också att Karin Månsdotter besökte Sigrid Vasa. Det sydvästra rummet på andra våningen i Sjundby slott, kallas Karin Månsdotters rum. Det berättas att drottning Karin Månsdotter övernattade här, när hon besökte Sjundby. Sigrid Vasa gifter om sig år 1609 och flyttar då till det kungliga hovet i Stockholm. År 1618 tar sonen Åke Tott över på Sjundby.
Åke Tott äger gårdar på många håll i det svenska riket och han vistas bara under kortare tider i Sjundeå. Han bor på Sjundby åren 1625-1627. Åke Tott grundar då ett stuteri på Sjundby och han föder upp hästar bland annat för det Trettioåriga kriget. Han har god kontakt med fogden som sköter Sjundby och utvidgar gården ännu strax innan han dör år 1640. Han dör på en resa mellan Sjundby och ett av sina gods nära Åbo.
Fältmarskalk Åke Tott är mest känd som hakkapeliternas ledare under Trettioåriga kriget. Striderna utkämpades i Tyskland mellan år 1618-1648. Åke Tott blev tidigt överstelöjtnant och general för kung Gustav II Adolfs armé. I Sjundeå fick han uppbära skatt av ett trettiotal bönder. Många av hakkapeliterna var sjundeåbor, eftersom Åke Tott drog ut i kriget år 1630 med hästar och ryttare från Sjundeå. Hakkapeliterna blev snabbt kända som krigshjältar och de har fått sitt speciella namn från sitt krigsrop Hakkaa päälle pohjan poika!. På svenska ungefär: Hugg på nordens son!. Efter att Gustav II Adolf dog vid slaget i Lutzen 1632, drog sig Åke Tott ur kriget.
Åke Totts son Claes Åkesson Tott, ärver Sjundby, men är inte intresserad av gården och säljer den till drottning Kristina. Hon skänker gården till Gustaf Larsson Sparre. Livet fortsätter på gården under olika fogdars ledning och med landbönder som lyder under Sjundby. Själva storgården utvecklas inte, utan förfaller.
I december 1660 köper landshövdingen och blivande riksrådet Ernst Johan Creutz gården. Creutz anlägger en ny slottsträdgård och låter reparera husen. Han ser till att diken rensas och att gärdesgårdar lappas. Landbönderna på Sjundby tvingas utföra många dagsverken och betala höga skatter till Creutz. Bönderna klagar på skatterna, men i rätten är det friherren och riksrådet Creutz som vinner.
Creutz gör stora reparationer på slottet. Till den nya trädgården anskaffas fruktträd som på 1600-talet ännu var sällsynta i Finland. I trädgården intill slottet finns det ännu idag äppel- plommon- och körsbärsträd och terasserna i trädgården härstammar från Creutz tid. Creutz anlägger också en kryddgård och en humlegård på åängarna intill bron.
År 1663 har stormannen Erik Fleming (1616-1679) köpt Svidja och Pickala gårdar. Adelsherrarna Fleming och Creutz hamnar snart i strid om landområden och holmar som stod till salu i Sjundeå. Herrarna möts i rätten många gånger och strider t.om om sittplatserna i Sjundeå kyrka. Kyrkstriden vinner Creutz. Sjundby får hålla sina gamla sittplatser längst framme väster om altartavlan i Sjundeå kyrka. Sjundby allmogen har plats på läktaren.
När riksrådet Ernst Johan Creutz dör år 1684 är Sjundby en mönstergård. Alldeles fast intill slottets östra gavel ligger träbyggnaden som ägarna bor i och den är nu reparerad, precis som själva slottet. Slottsparken kring husen grönskar och det myllrar av liv kring ladugård, stugor, fähus och bodar. Kvarnen mal på vid forsen och man kan skörda humle, örter och frukter i trädgårdarna intill ån och slottet.
Segelskutorna som kommer från Stockholm och Reval uppför ån, tar i land nedanför kvarnen vid en egen kaj. Trädgårdsmästaren har sitt eget hus. Det finns bagarstuga, herrbadstuga, kalkbod, smedja och en mängd rior och saltbodar.
I slutet av 1600-talet behövde den svenska kronan mer inkomster. Kronan börjar därför kräva stora delar av adelns egendomar tillbaka till kronan. Det här kom att kallas reduktion.
I och med reduktionen förlorar också Sjundby gård äganderätten till den svenska kronan. Etersom Ernst Johan Creutz änka Maria Silferhjelm håller gården som ett rusthåll, får hon behålla besittningsrätten till gården. Maria Silfverhjelm säljer senare vidare besittningsrätten till Otto Wilhelm von Löwe, som i sin tur säljer besittningsrätten till Tomas Teuterström år 1698. Sedan 1698 har Sjundby varit i samma släkts ägo.