År 1597 gifter sig Henrik Tott med Sigrid Vasa. Sigrid Vasa är dotter till Erik XIV och Karin Månsdotter. Henrik Tott, blir senare inblandad i maktkampen om den svenska kronan. År 1599 tvingas han och Sigrid Vasa och deras ettåriga son Åke Henriksson Tott, på flykt till Reval och vidare till Riga. Henrik Tott är sjuk och dör i Riga år 1600. Sigrid Vasa blir nu ägare till Sjundby.
Sigrid Vasa besöker Sjundby på våren 1603. Då är det en förfallen gård hon möter. Trähusen beskrivs som ruttna och förstörda och slottet har tagit stor skada. Sigrid Vasa stannar i Finland, men vi vet inte om hon bor på Sjundby. Vi vet att hon åtminstone tidvis bodde på Gerknäs gård i Lojo. Hon besökte ofta sin mor, Karin Månsdotter på Liuksiala gård i Kangasala nära Tammerfors. Vi vet också att Karin Månsdotter besökte Sigrid Vasa. Det sydvästra rummet på andra våningen i Sjundby slott, kallas Karin Månsdotters rum. Det berättas att drottning Karin Månsdotter övernattade här, när hon besökte Sjundby. Sigrid Vasa gifter om sig år 1609 och flyttar då till det kungliga hovet i Stockholm. År 1618 tar sonen Åke Tott över på Sjundby.